M&A補助金とは何か？制度の全体像から申請方法まで完全ガイド

M&Aは企業の成長戦略として有効な一方、仲介手数料やデューデリジェンス費用など、多額のコストが課題となります。
しかし、国が提供する補助金制度を賢く活用すれば、その負担を大幅に軽減できることをご存知でしょうか。

本記事では、M&Aアドバイザリーの経験を持つ中立的な専門家である高橋健一が、M&Aで活用できる「事業承継・M&A補助金」の全体像から具体的な申請方法、そして採択率を高めるための専門家選びのポイントまで、経営者の皆様が本当に知りたい情報を分かりやすく徹底解説します。

【この記事の結論】M&A補助金 活用ガイド

項目	ポイント
対象者	事業承継やM&Aを行う中小企業・小規模事業者（売り手・買い手双方）
主な目的	M&Aにかかる専門家費用（仲介手数料、DD費用等）の負担軽減
補助額・補助率	上限600万円～800万円程度（経費の1/2または2/3を補助）
重要な注意点	国に登録された「M&A支援機関」への支払いに限定される
申請の第一歩	事前に「GビズIDプライムアカウント」の取得が必須（発行に数週間）

M&Aで活用できる補助金の全体像：事業承継・M&A補助金とは？

M&Aで活用できる代表的な補助金は、中小企業庁が管轄する「事業承継・M&A補助金」です。
これは、事業承継やM&Aをきっかけとした設備投資や経営革新、M&Aプロセスで発生する専門家への費用などを支援する制度です。
売り手・買い手双方の中小企業や小規模事業者が対象となり、M&Aにかかる経済的負担を軽減し、円滑な事業引継ぎを促進することを目的としています。

補助金の目的と重要性

日本社会は今、経営者の高齢化と後継者不足という深刻な課題に直面しています。
素晴らしい技術やサービスを持つ企業が、後継者がいないという理由だけで廃業に追い込まれるケースは少なくありません。
国が補助金を出してまでM&Aを支援するのは、こうした企業の価値ある経営資源を次世代に引き継ぎ、日本経済全体の活力を維持・向上させるという強い意志の表れです。

私、高橋のコンサルタントとしての視点から見ても、この制度は単なるコスト削減策以上の戦略的な意味を持ちます。
補助金を活用することで、これまで費用面で躊躇していたデューデリジェンス（企業調査）を徹底できたり、M&A後の統合作業（PMI）に十分なリソースを割けたりと、M&Aの成功確率そのものを高めることにつながります。

2026年最新情報：制度の変更点と今後の動向

この補助金は、以前は「事業承継・引継ぎ補助金」という名称でしたが、2025年度（令和6年度補正予算）から「事業承継・M&A補助金」へと名称が変更されました。
これは、従来の親族内承継などに加え、第三者承継、つまりM&Aの重要性が国策としてより一層高まっていることを示唆しています。

参考:  中小企業庁担当者に聞く「事業承継・M＆A補助金（令和6年度補正）」

制度内容も、M&A後の経営統合を支援する「PMI推進枠」が新設されるなど、より実態に即した形にアップデートされています。
公募は年に複数回実施されますが、回次によって内容が変更される可能性があるため、申請を検討する際は、必ず中小企業庁や補助金事務局の公式サイトで最新の公募要領を確認することが不可欠です。

あなたは対象？M&A補助金の対象者と主な要件

この補助金は、事業承継やM&Aを行う中小企業・小規模事業者（個人事業主を含む）が主な対象です。
ただし、申請する枠によって詳細な要件が異なります。
例えば、日本国内で事業を営んでいること、反社会的勢力との関係がないことなどが共通の基本要件として定められています。

買い手（譲受企業）の対象要件

M&Aによって経営資源を譲り受ける側の企業が対象となります。
申請にあたっては、単に「会社を買いたい」というだけでは不十分です。
審査では、M&Aを通じてどのようなシナジー（相乗効果）を生み出し、生産性を向上させ、ひいては地域経済に貢献するのか、といった点が厳しく評価されます。

私の金融機関での経験上、事業計画書では「1+1」が「3」にも「4」にもなるというストーリーを、具体的な数値目標と共に示すことが重要です。
例えば、「譲受企業の販路と譲渡企業の技術力を組み合わせることで、3年後に売上を〇%向上させる」といった説得力のある計画が求められます。

売り手（譲渡企業）の対象要件

事業を譲り渡す側の企業も、もちろん補助金の対象です。
特に注目すべきは、業況が厳しい企業に対して補助率が手厚くなる場合がある点です。

例えば、赤字や営業利益率が低下しているといった状況が認められると、補助率が通常の1/2から2/3に引き上げられることがあります。
これは、経営が困難な状況にある企業でも、M&Aによる事業引継ぎを諦めることなく、円滑に進められるようにという国の配慮の表れです。

親族内承継は対象になる？

「M&A補助金」という名称から、親族内承継は対象外だと思われる経営者の方もいらっしゃいますが、そんなことはありません。
旧制度では対象外となるケースもありましたが、現行制度では「事業承継促進枠」が設けられており、今後5年以内に親族や従業員への承継を予定している事業者が、承継前に企業価値を高める「磨き上げ」の取り組みを行う際に活用できます。

【費用別】何が補助される？補助対象経費を徹底解説

補助金の対象となる経費は多岐にわたりますが、特に注目すべきはM&Aの専門家に支払う費用です。
具体的には、M&A仲介会社やFA（ファイナンシャル・アドバイザー）への手数料、デューデリジェンス（企業調査）にかかる専門家費用、セカンドオピニオン費用などが対象となります。

M&A仲介手数料・FA費用

M&Aプロセスで最も大きな費用の一つである仲介手数料やFA費用が補助対象となるのは、経営者にとって大きなメリットです。
しかし、ここで極めて重要な注意点があります。
それは、国の「M&A支援機関登録制度」に登録された専門家への支払いに限られるという点です。

この制度は、一定の基準を満たした信頼できる支援機関を国がリスト化しているものです。
私のような中立的な立場から見ても、このルールは非常に重要です。
質の低い業者を排除し、中小企業が安心してM&Aに取り組める環境を整備する目的があります。
依頼を検討している仲介会社やFAが登録されているか、必ず事前に確認しましょう。

参考: M&A支援機関に係る登録制度の申請受付(令和7年度公募)について

デューデリジェンス（DD）費用・企業価値評価費用

M&Aの成否を分ける重要なプロセスが、デューデリジェンス（DD）です。
これは、買収対象企業の財務や法務、事業内容などを詳細に調査し、リスクを洗い出す作業です。

弁護士や会計士といった専門家への依頼費用は高額になりがちですが、このDD費用や、企業の価値を算定する企業価値評価費用も補助金の対象となります。
補助金を活用することで、コストを理由に調査を妥協することなく、安心してM&Aを進めることが可能になります。

PMI（統合作業）に関する費用

M&Aは契約が成立すれば終わりではありません。
むしろ、そこからが本当のスタートです。
M&A成立後の統合作業、いわゆるPMI（Post Merger Integration）が成功しなければ、期待したシナジーは生まれません。
このPMIの重要性に着目し、そのプロセスにかかる専門家費用などを支援するのが「PMI推進枠」です。
私の実務経験上、PMIの巧拙がM&Aの最終的な成果を大きく左右します。この枠の創設は、M&Aを本質的に成功させようという国の強い意志を感じます。

設備投資や販路開拓、廃業に関する費用

M&A補助金は、M&Aのプロセス費用だけでなく、その後の成長投資も支援します。
「事業承継促進枠」では、事業承継後の経営革新に伴う設備投資や販路開拓の費用が対象となります。

また、「廃業・再チャレンジ枠」では、M&Aに伴い一部の不採算事業を整理する際の廃業費用や、M&Aが不成立に終わったものの新たな事業に挑戦する際の費用なども補助対象となり、制度の幅広さを示しています。

M&A補助金の申請枠と補助額・補助率

事業承継・M&A補助金には、目的別に複数の申請枠が設けられています。 M&Aで最も活用されるのが「専門家活用枠」で、売り手と買い手の双方を支援する類型があります。 補助率は原則1/2または2/3で、補助上限額は最大600万円～800万円程度に設定されています。

以下に、主な申請枠の概要を表にまとめました。

申請枠	主な目的	補助上限額（目安）	補助率（目安）
専門家活用枠	M&Aプロセスにおける専門家費用（仲介手数料、DD費用等）の支援	600万円～800万円	1/2 or 2/3
事業承継促進枠	親族内・従業員承継前の「磨き上げ」（設備投資、販路開拓等）の支援	800万円（賃上げで1,000万円）	1/2 or 2/3
PMI推進枠	M&A後の経営統合プロセス（PMI）の支援	150万円～1,000万円	1/2 or 2/3
廃業・再チャレンジ枠	M&Aに伴う廃業費用や再チャレンジの支援	150万円（他枠と併用）	1/2 or 2/3

最も利用される「専門家活用枠」（買い手支援・売り手支援）

M&Aの当事者が最も利用しやすいのがこの枠です。
買い手（譲受企業）と売り手（譲渡企業）の双方に類型があり、M&A仲介手数料やDD費用といった直接的なコストを補助します。
補助上限額は600万円が基本ですが、DD費用を上乗せ申請することで最大800万円まで拡大する場合があります。

承継前の磨き上げに「事業承継促進枠」

親族内承継や従業員承継を予定している企業が、後継者が中心となって行う新たな取り組みを支援する枠です。
例えば、老朽化した設備を刷新して生産性を向上させたり、新たなECサイトを構築して販路を拡大したりといった「磨き上げ」の費用が対象となります。

M&A後の統合を支援する「PMI推進枠」

M&A後のPMIプロセスにかかる費用を支援する、比較的新しい枠です。
PMI専門家へのコンサルティング費用や、業務システムを統合するための費用などが対象となります。 M&Aを「絵に描いた餅」で終わらせないための重要な支援策と言えます。

事業の整理に伴う「廃業・再チャレンジ枠」

M&Aの過程で不採算事業を整理したり、一部店舗を閉鎖したりする際の廃業費用を補助します。
この枠は単独での申請はできず、他の枠と併用することが前提となります。 M&Aをより戦略的に進めるための柔軟な活用が可能です。

【完全ガイド】M&A補助金申請の具体的な流れとスケジュール

補助金の申請は、オンライン申請システム「Jグランツ」を通じて行います。そのため、事前に「GビズIDプライムアカウント」の取得が必須です。 アカウント発行には数週間かかる場合があるため、早めの準備が重要です。

参考: GビズIDとは｜GビズID(法人・個人事業主向けアカウント)｜デジタル庁

公募期間内に必要書類を揃えて申請し、審査を経て交付が決定された後、事業を実施。
事業完了後に実績報告を行い、検査を経て補助金が支払われるという流れになります。

Step1：事前準備（GビズIDプライムアカウントの取得）

申請の第一歩は、GビズIDプライムアカウントの取得です。
これは、様々な行政サービスにログインできる法人・個人事業主向けの共通認証システムです。
申請には印鑑証明書などが必要で、書類を郵送してからアカウントが発行されるまで2～3週間以上かかることもあります。
公募が始まってから慌てないよう、M&Aを検討し始めた段階で取得しておくことを強くお勧めします。

Step2：公募要領の確認と必要書類の準備

補助金の公式サイトで最新の「公募要領」をダウンロードし、熟読します。
ここには、対象者の詳細な要件、補助対象経費、審査基準など、申請に必要なすべての情報が記載されています。
その上で、申請書やM&Aの概要を記した書類、事業計画書など、指定された必要書類を準備します。

Step3：Jグランツでの電子申請

準備した書類を基に、Jグランツのシステム上で申請情報を入力し、必要書類をアップロードして電子申請を行います。
入力ミスや書類の不備は、審査の対象外となる致命的なミスにつながります。
特に、金額の入力間違いや必須書類の添付漏れはよくある失敗例です。
送信前に、複数人で何度も確認することが重要です。

Step4：交付決定から事業実施、実績報告まで

申請内容が審査され、無事に採択されると「交付決定通知書」が届きます。
ここで重要なのは、補助対象となる事業（専門家との契約など）は、必ずこの交付決定日以降に開始しなければならないという原則です。
交付決定前に支払った費用は補助対象外となるため、注意が必要です。

事業が完了したら、かかった経費の証憑（契約書や請求書、領収書など）を添えて実績報告書を提出します。
事務局による検査を経て補助金額が最終的に確定し、指定の口座に振り込まれます。
補助金は原則として後払いである点を理解しておきましょう。

採択率を高める！専門家が教える申請の注意点と成功のポイント

補助金の採択率は公募回によって変動しますが、おおむね50%～60%前後で推移しているようです。
決して誰もが簡単に採択されるわけではありません。

採択を勝ち取るためには、事業計画の具体性と説得力が鍵となります。
M&Aによってどのようなシナジーが生まれ、生産性が向上するのかを、審査員に明確に伝える必要があります。

注意点1：補助金ありきのM&Aは危険

私がお会いする経営者の中に、時折「補助金がもらえるならM&Aをしようか」と考える方がいらっしゃいます。
しかし、これは本末転倒であり、非常に危険な考え方です。
M&Aは企業の将来を左右する重大な経営判断です。
あくまで自社の成長戦略や事業承継という本来の目的が主であり、補助金はその目的を達成するための手段に過ぎません。
補助金目当てで拙速なM&Aを進め、結果的に失敗してしまっては元も子もありません。

注意点2：対象となるM&A支援機関の確認

繰り返しになりますが、仲介手数料などが補助対象となるのは、国の「M&A支援機関登録制度」に登録された業者のみです。
この制度に登録されている機関は、中小企業庁の公式サイトで検索できます。
契約を検討している業者が登録されているか、必ず事前に確認してください。
この確認を怠ると、最も大きな経費である仲介手数料が補助対象外になる可能性があります。

成功のポイント1：事業計画書の説得力を高める

採択の可否を最も左右するのが事業計画書です。
審査員は、そのM&Aが本当に企業の成長に資するものなのか、税金を投入する価値があるのかを見ています。
金融機関出身の私の経験から言えば、評価される計画書には以下の要素が含まれています。

これらの要素を、誰が読んでも理解できる論理的なストーリーとして描くことが重要です。

成功のポイント2：中立的な専門家と連携する

補助金の申請は、M&Aのプロセスと並行して進める複雑な作業です。
M&A仲介会社も申請をサポートしてくれますが、彼らはあくまで「M&Aを成約させること」が主目的です。
そこで有効なのが、私のような特定の仲介会社に所属しない、中立的なM&Aコンサルタントに相談することです。

中立的な専門家は、補助金申請のサポートはもちろんのこと、「そもそもこのM&Aは貴社にとって本当に最適なのか」「他の選択肢はないのか」といった根本的な問いから一緒に考え、M&A戦略全体を客観的に評価します。

また、複数の仲介会社やFAの特徴を比較検討し、貴社にとって最適な専門家選びを支援することも可能です。
補助金の活用とM&Aの成功、その両方を実現するために、セカンドオピニオンとしてこうした専門家を活用する価値は非常に大きいと言えるでしょう。

よくある質問（FAQ）

Q: M&A補助金の最新の公募スケジュールはどこで確認できますか？

A: 最新の公募スケジュールは、中小企業庁の公式サイトや「事業承継・M&A補助金」の事務局公式サイトで随時公開されます。申請を検討している方は、定期的にこれらのサイトを確認することが重要です。

Q: M&Aが成立しなかった場合でも、補助金はもらえますか？

A: 「専門家活用枠」では、M&Aが未成約に終わった場合でも、それまでにかかった費用の一部が補助されることがあります。ただし、補助上限額は成約した場合よりも低く設定されるのが一般的です。

Q: 補助金はいつもらえますか？

A: 補助金は、原則として後払いです。交付決定後に補助対象となる事業を自己資金で実施し、事業完了後に実績報告書を提出します。その後、事務局による検査を経て補助金額が確定し、指定の口座に振り込まれます。

Q: 申請にあたって相談できる機関はありますか？

A: 全国の事業承継・引継ぎ支援センターや、認定経営革新等支援機関などが公的な相談窓口となります。 また、私のような独立系のM&Aコンサルタントに相談いただければ、申請サポートはもちろん、M&A戦略全体について中立的な立場からアドバイスが可能です。

Q: 複数の補助金を併用することはできますか？

A: 国の他の補助金との併用は、原則として同一の事業内容に対しては認められません。ただし、事業内容が異なれば併用できる可能性もありますので、各補助金の公募要領をよく確認する必要があります。

まとめ

M&Aの実施には多額の費用がかかりますが、「事業承継・M&A補助金」は、その負担を軽減するための強力な支援策です。

本記事では、制度の全体像から対象経費、具体的な申請フロー、そして採択を勝ち取るためのポイントまでを解説しました。
重要なのは、補助金ありきでM&Aを進めるのではなく、自社の成長戦略に基づいたM&Aを計画し、その実現のために補助金を賢く活用することです。

そして、そのプロセスにおいては、貴社の状況を客観的に分析し、最適な選択肢を提示できる中立的な専門家と連携することが成功の鍵となります。
この記事が、皆様の納得のいくM&A実現の一助となれば幸いです。